学习困难的原因尚不清楚，并且仍处于探索阶段。 通常认为它是内部和外部多个因素共同作用的结果；个人的生理和心理因素，以及家庭和社会环境因素； 有先天因素和后天因素。学习困难的原因很多，这是内部和外部因素共同作用的结果。 到目前为止，儿童学习困难的原因有以下研究结果或认识。
1.生理因素
儿童在胎儿期和出生后因某些伤害而患有轻度脑损伤或轻度脑功能障碍； 一些学习技能的障碍是遗传性的，亲戚中也有类似的情况。 身心发育落后于同龄儿童；
儿童身体虚弱，生病，经常缺课，将导致家庭作业的连续性中断，学习内容不通，自然导致学习困难； 班级上的小动作过多或注意力不足，无法专心致志，也会导致学习困难。
2.环境因素
家庭环境恶劣，特别是缺乏母爱； 儿童未受过良好的教育，在儿童的早期成长和发展的关键时期未提供丰富的环境刺激和教育； 不适当的学习内容和教育方法会使孩子产生厌倦情绪。
3.营养与代谢
研究证实，儿童的学习困难与营养代谢有关，某些微量元素不足或饮食不合理，营养失衡会影响智力发育。
4.心理因素
大量研究证实，学习困难的儿童存在广泛的心理问题。 总体观察结果是学习困难的儿童学习动机低，学习动机不足，学习兴趣差，情绪波动容易，意志障碍，认知障碍和自我意识水平低。
5.小脑发育迟缓
如果小脑的功能不能有效利用，将导致各种学习困难。 因为每个人的小脑发育水平不同，所以每个人学习困难的症状并不完全相似，并且症状经常彼此重叠。儿童学习困难的原因很复杂。 父母必须找出原因并有针对性，才能以一半的努力获得两倍的结果。